Jorge Martin sicherte sich mit einer herausragenden Leistung die Pole Position für den Großen Preis von Indonesien und brach mit einer Zeit von 1:29,088 den Rundenrekord. Martin gab bei seinem ersten Run das Tempo vor und ließ alle anderen hinter sich. Marco Bezzecchi wird zusammen mit Martin in der ersten Reihe stehen, trotz seines Sturzes in Kurve 16. Bezzecchi schaffte es, sich zu erholen und den zweiten Platz zu belegen. Pedro Acosta vervollständigte die erste Reihe mit seinem dritten Platz in dieser actiongeladenen Q2-Sitzung, in der Rekorde gebrochen wurden.

Q1 war nicht weniger ereignisreich. Aleix Espargaro stürzte in Turn 1, während Alex Marquez auf seiner letzten fliegenden Runde stürzte. Johann Zarco setzte sich mit einer Zeit von 1:29.995 an die Spitze der Session, und Raul Fernandez zog mit ihm ins Q2 ein. Dort angekommen, ging das Drama weiter. Marc Marquez und Enea Bastianini stürzten beide schon früh, während Martin sein rasantes Tempo fortsetzte. Als sich der letzte Lauf näherte, hatte der amtierende Champion Francesco Bagnaia wegen gelber Flaggen noch keine Zeit gesetzt. Marc Marquez stürzte zum zweiten Mal in dieser Session, während Bagnaia und Acosta sich einen Platz in der ersten Reihe sicherten. Bezzecchi hingegen stürzte im letzten Sektor, erholte sich aber und fuhr eine beeindruckende Runde.

Bagnaia wird die zweite Startreihe anführen, da er in seinem zweiten Lauf eine solide Zeit gefahren ist, die ihn auf den vierten Platz brachte. Bastianini startet trotz eines früheren Sturzes als Fünfter, gefolgt von Fabio Quartararo, der mit einer beeindruckenden Runde Sechster wurde.

Zarco wird die dritte Startreihe als Siebter anführen. Sein erster Lauf war stark genug, um ihn vor Fabio Di Giannantonio zu platzieren, der sich als Achter qualifizierte. Franco Morbidelli komplettiert die Reihe als Neunter, nachdem er sich schwer getan hat, mehr Tempo zu finden.

Weiter hinten wird Marc Marquez nach einer schwierigen Session auf Platz 12 starten und hat damit im Sprint und im Hauptrennen noch viel zu tun. Brad Binder wird als 19. starten, nachdem ihn Probleme mit der Hinterradbremse daran hinderten, seine Q1-Zeit zu verbessern.