Jorge Martin a réalisé une performance exceptionnelle pour décrocher la pole position du Grand Prix d'Indonésie, pulvérisant le record du tour avec un temps de 1:29.088. Martin a donné le ton dès son premier run, laissant tout le monde derrière lui. Marco Bezzecchi rejoindra Martin sur la première ligne, malgré sa chute au virage 16. Bezzecchi a réussi à récupérer la deuxième place. Pedro Acosta a complété la première ligne en obtenant la troisième place lors de cette séance de Q2 riche en action où des records ont été battus.

La Q1 n'a pas été moins mouvementée. Aleix Espargaro est tombé au virage 1, tandis qu'Alex Marquez a chuté lors de son dernier tour de piste. Johann Zarco a terminé la séance en tête avec un temps de 1:29.995, et Raul Fernandez s'est qualifié avec lui pour la Q2. Une fois en Q2, le drame se poursuit. Marc Marquez et Enea Bastianini chutent tous les deux en début de séance, tandis que Martin poursuit son rythme effréné. À l'approche de la dernière manche, le champion en titre Francesco Bagnaia n'a pas encore enregistré de temps en raison des drapeaux jaunes. Marc Marquez est victime d'une deuxième chute au cours de la séance, tandis que Bagnaia et Acosta s'assurent une place sur la première ligne. Bezzecchi, quant à lui, a chuté dans le dernier secteur mais s'est repris pour réaliser un tour époustouflant.

Bagnaia sera en tête de la deuxième ligne de la grille de départ, car il a réalisé un bon temps lors de son deuxième passage, ce qui lui a permis de se classer quatrième. Bastianini, malgré une chute plus tôt, part cinquième, suivi par Fabio Quartararo, qui a pris la sixième place avec un tour impressionnant.

Zarco s'élancera de la troisième ligne en septième position. Son premier run a été suffisamment bon pour lui permettre de devancer Fabio Di Giannantonio, qui s'est qualifié en huitième position. Franco Morbidelli complète la ligne en neuvième position après avoir eu du mal à trouver le rythme.

Plus bas, Marc Marquez s'élancera en 12e position après une séance difficile, ce qui lui laissera beaucoup à faire lors du sprint et de la course principale. Brad Binder s'alignera en 19ème position après que des problèmes de freins arrière l'aient empêché d'améliorer son temps en Q1.