Jorge Martin popisał się znakomitym występem, zdobywając pole position w Grand Prix Indonezji, bijąc rekord okrążenia wszech czasów z czasem 1:29.088. Martin ustanowił ogólne tempo podczas pierwszego przejazdu, pozostawiając wszystkich w tyle. Marco Bezzecchi dołączy do Martina w pierwszym rzędzie, pomimo wypadku na zakręcie 16. Bezzecchi zdołał się pozbierać i zajął drugie miejsce. Pedro Acosta uzupełnił pierwszy rząd, zdobywając trzecie miejsce w tej pełnej akcji sesji Q2, w której pobito rekordy.

Q1 był nie mniej burzliwy. Aleix Espargaro upadł w Zakręcie 1, a Alex Marquez rozbił się podczas swojego ostatniego okrążenia. Johann Zarco zakończył sesję z czasem 1:29.995, a Raul Fernandez awansował z nim do Q2. Tam dramat trwał dalej. Marc Marquez i Enea Bastianini rozbili się na początku, podczas gdy Martin kontynuował swoje niesamowite tempo. Gdy zbliżał się ostatni przejazd, panujący mistrz Francesco Bagnaia nie zdołał jeszcze opublikować czasu z powodu żółtych flag. Marc Marquez zaliczył drugą kraksę w sesji, podczas gdy Bagnaia i Acosta zapewnili sobie miejsca w pierwszym rzędzie. Bezzecchi jednak rozbił się w ostatnim sektorze, ale odzyskał równowagę i ustanowił wspaniałe okrążenie.

Bagnaia ustawi się w drugim rzędzie na starcie, ponieważ uzyskał solidny czas w swoim drugim przejeździe, lądując na czwartym miejscu. Bastianini, pomimo wcześniejszej awarii, startuje piąty, a za nim Fabio Quartararo, który zajął szóste miejsce z imponującym okrążeniem.

Zarco poprowadzi trzeci rząd na siódmym miejscu. Jego pierwszy przejazd był wystarczająco mocny, aby wyprzedzić Fabio Di Giannantonio, który zakwalifikował się na ósmym miejscu. Franco Morbidelli uzupełni rząd na dziewiątym miejscu po tym, jak walczył o znalezienie większego tempa.

Dalej, Marc Marquez wystartuje z 12. pozycji po trudnej sesji, pozostawiając mu wiele do zrobienia w sprincie i głównym wyścigu. Brad Binder ustawi się na 19. miejscu po tym, jak problemy z tylnym hamulcem uniemożliwiły mu poprawienie czasu z Q1.