Jorge Martin předvedl vynikající výkon a zajistil si pole position ve Velké ceně Indonésie, když časem 1:29,088 překonal rekord všech dob. Martin svou první jízdou udával celkové tempo a nechal všechny za sebou. Marco Bezzecchi se k Martinovi připojí v první řadě, přestože měl v 16. zatáčce havárii. Bezzecchi se dokázal zotavit a vybojovat druhé místo. Pedro Acosta doplnil první řadu tím, že si v tomto akčním tréninku Q2, kde padaly rekordy, zajistil třetí místo.

1. čtvrtletí bylo neméně bohaté na události. Aleix Espargaro spadl v první zatáčce, zatímco Alex Marquez havaroval během svého posledního letmého kola. Johann Zarco se dostal do čela tréninku s časem 1:29,995 a spolu s ním do Q2 postoupil Raul Fernandez. Tam drama pokračovalo. Marc Marquez a Enea Bastianini brzy havarovali, zatímco Martin pokračoval ve svém bleskovém tempu. Když se blížila závěrečná jízda, úřadující šampion Francesco Bagnaia ještě nezaznamenal čas kvůli žlutým vlajkám. Marc Marquez utrpěl v tréninku druhou havárii, zatímco Bagnaia a Acosta si zajistili místa v první řadě. Bezzecchi však v posledním sektoru havaroval, ale zotavil se a zajel úžasné kolo.

Bagnaia povede druhou řadu na startovním roštu, protože ve své druhé jízdě zajel solidní čas a obsadil čtvrté místo. Bastianini, navzdory předchozí havárii, odstartuje pátý, následován Fabiem Quartararou, který se působivým kolem umístil na šestém místě.

Zarco povede třetí řadu na sedmém místě. Jeho první jízda byla dostatečně silná na to, aby se dostal před Fabia Di Giannantonia, který se kvalifikoval jako osmý. Franco Morbidelli doplní řadu na devátém místě poté, co se snažil najít větší tempo.

Dále pořadí se nachází Marc Marquez, který po náročném tréninku odstartuje z 12. místa, takže ve sprintu a hlavním závodě bude mít co dělat. Brad Binder se postaví na 19. místo poté, co mu problémy se zadními brzdami zabránily zlepšit čas z prvního čtvrtletí.