Jorge Martin ha offerto una prestazione eccezionale per assicurarsi la pole position del Gran Premio d'Indonesia, frantumando il record sul giro di tutti i tempi con un tempo di 1:29.088. Martin ha imposto il ritmo generale con il suo primo giro, lasciando tutti dietro. Marco Bezzecchi affiancherà Martin in prima fila, nonostante la caduta alla curva 16. Bezzecchi è riuscito a riprendersi e a recuperare. Bezzecchi è riuscito a recuperare e a conquistare il secondo posto. Pedro Acosta ha completato la prima fila conquistando il terzo posto in questa sessione Q2 ricca di azione e di record.

La Q1 non è stata meno movimentata. Aleix Espargaro è caduto alla curva 1, mentre Alex Marquez è caduto durante il suo ultimo giro di lancio. Johann Zarco ha chiuso la sessione con un tempo di 1:29.995 e Raul Fernandez è passato con lui alla Q2. Una volta lì, il dramma è continuato. Marc Marquez ed Enea Bastianini sono caduti entrambi nelle fasi iniziali, mentre Martin ha continuato a mantenere un ritmo incalzante. All'avvicinarsi della manche finale, il campione in carica Francesco Bagnaia non ha ancora fatto registrare un tempo a causa delle bandiere gialle. Marc Marquez ha subito la seconda caduta della sessione, mentre Bagnaia e Acosta si sono assicurati i posti in prima fila. Bezzecchi, invece, è caduto nell'ultimo settore, ma si è ripreso e ha fatto un giro straordinario.

Bagnaia partirà in seconda fila sulla griglia di partenza, avendo fatto registrare un buon tempo nella sua seconda manche, che lo ha portato in quarta posizione. Bastianini, nonostante una caduta precedente, partirà quinto, seguito da Fabio Quartararo, che ha ottenuto il sesto posto con un giro impressionante.

Zarco guiderà la terza fila in settima posizione. La sua prima manche è stata abbastanza forte da metterlo davanti a Fabio Di Giannantonio, che si è qualificato ottavo. Franco Morbidelli completa la fila in nona posizione, dopo aver faticato a trovare il ritmo.

Più in basso, Marc Marquez partirà 12° dopo una sessione impegnativa, lasciandogli molto da fare nella volata e nella gara principale. Brad Binder si schiererà al 19° posto dopo che un problema al freno posteriore gli ha impedito di migliorare il suo tempo in Q1.