Jorge Martin leverde een uitmuntende prestatie en veroverde de poleposition tijdens de Grand Prix van Indonesië. Hij verpulverde het all-time ronderecord met een tijd van 1:29.088. Martin bepaalde het algemene tempo in zijn eerste run en liet iedereen achter zich. Marco Bezzecchi voegt zich bij Martin op de eerste rij, ondanks zijn crash in bocht 16. Bezzecchi herstelde zich. Bezzecchi herstelde en pakte de tweede plaats. Pedro Acosta maakte de eerste rij compleet door derde te worden in deze Q2-sessie vol actie, waarin records werden gebroken.

Q1 was niet minder bewogen. Aleix Espargaro ging onderuit in bocht 1, terwijl Alex Marquez crashte tijdens zijn laatste vliegende ronde. Johann Zarco voerde de sessie aan met een tijd van 1:29.995 en Raul Fernandez ging samen met hem door naar Q2. Daar ging het drama verder. Marc Marquez en Enea Bastianini crashten allebei vroeg in de sessie, terwijl Martin zijn hoge tempo voortzette. Toen de laatste run naderde, moest regerend kampioen Francesco Bagnaia nog een tijd neerzetten vanwege gele vlaggen. Marc Marquez crashte voor de tweede keer in de sessie, terwijl Bagnaia en Acosta zeker waren van een plek op de eerste rij. Bezzecchi crashte echter in de laatste sector, maar herstelde zich en zette een verbluffende ronde neer.

Bagnaia leidt de tweede startrij, want hij klokte een solide tijd in zijn tweede run, waardoor hij als vierde start. Bastianini start, ondanks een eerdere crash, als vijfde, gevolgd door Fabio Quartararo, die zesde werd met een indrukwekkende ronde.

Zarco leidt de derde rij vanaf de zevende plaats. Zijn eerste run was sterk genoeg om hem voor Fabio Di Giannantonio te zetten, die zich als achtste kwalificeerde. Franco Morbidelli maakt de rij compleet als negende nadat hij moeite had om meer tempo te vinden.

Verderop start Marc Marquez als 12e na een lastige sessie, waardoor hij genoeg te doen heeft in de sprint en de hoofdrace. Brad Binder start als 19e nadat problemen met de achterrem hem ervan weerhielden zijn Q1-tijd te verbeteren.