Pedro Acosta ha illuminato la pista del Gran Premio del Giappone, conquistando la pole position con il record sul giro di 1:43.018. Il debuttante non solo ha conquistato la P1, ma è anche diventato il terzo pilota più giovane a conquistare una pole. Insieme a lui in prima fila c'è Francesco Bagnaia, che ha realizzato un giro finale straordinario. Completa la top 3 Maverick Viñales.

La Q1 ha avuto la sua parte di caos con la pioggia minacciosa, ma Franco Morbidelli e Fabio Quartararo sono riusciti ad assicurarsi il posto in Q2. Al via della Q2, la pioggia ha reso la sessione tesa. Marc Marquez ha conquistato la vetta della classifica con il suo giro veloce, battendo anche il tempo di Acosta, ma il debuttante si è subito rifatto sotto e ha recuperato la posizione. Verso la fine della sessione, Bagnaia ha conquistato per un breve periodo la P1, prima che Marquez sorprendesse tutti con un tempo di 1:42.868. Purtroppo per Marquez, il tempo sul giro è stato cancellato a causa dei limiti della pista, restituendo ad Acosta la pole. Jorge Martin è caduto alla curva 9 negli ultimi istanti e partirà dall'11° posto.

La seconda fila è guidata da Enea Bastianini, che ha fatto un giro fantastico, assicurandosi il quarto posto. Lo seguono Brad Binder in quinta posizione e Franco Morbidelli in sesta. Fabio Di Giannantonio guiderà la terza fila, con il suo compagno di squadra Marco Bezzecchi in ottava posizione. Marc Marquez partirà dalla nona posizione, affrontando una volata e una gara difficili.

Jorge Martin’caduto in precedenza lo lascia in undicesima posizione, stretto tra Alex Marquez e Fabio Quartararo in dodicesima. Più indietro, Jack Miller e Aleix Espargaro si schiereranno in quinta fila, entrambi con l'obiettivo di lottare per il gruppo.