Pedro Acosta absolutnie rozświetlił tor podczas Grand Prix Japonii, gdy debiutant zdobył pole position z rekordem okrążenia 1:43.018. Debiutant nie tylko zdobył P1, ale także został trzecim najmłodszym zawodnikiem, który zdobył pole position. W pierwszym rzędzie dołączył do niego Francesco Bagnaia, który popisał się niesamowitym ostatnim okrążeniem. Pierwszą trójkę zamyka Maverick Viñales.

Q1 miała swój udział w chaosie z groźbą deszczu, ale Franco Morbidelli i Fabio Quartararo zdołali zapewnić sobie miejsca w Q2. Po rozpoczęciu Q2, deszcz sprawił, że sesja była napięta. Marc Marquez wysunął się na pierwsze miejsce dzięki swojemu szybkiemu okrążeniu, pobijając nawet czas Acosty, ale debiutant szybko odrobił straty i odzyskał swoją pozycję. Gdy sesja zbliżała się do końca, Bagnaia na krótko objął P1, zanim Marquez zaskoczył wszystkich czasem 1:42.868. Niestety dla Marqueza, czas okrążenia został skasowany z powodu ograniczeń toru, co dało Acoście pole position. Jorge Martin rozbił się na zakręcie 9 w ostatnich chwilach i wystartuje z 11. pozycji.

Drugi rząd prowadzi Enea Bastianini, który miał fantastyczną jazdę, zapewniając sobie czwarte miejsce. Za nim uplasowali się Brad Binder na piątym miejscu i Franco Morbidelli na szóstym. Fabio Di Giannantonio poprowadzi trzeci rząd, a jego kolega z zespołu Marco Bezzecchi będzie ósmy. Marc Marquez wystartuje z dziewiątego pola, mając przed sobą trudny Sprint i wyścig.

Wcześniejszy wypadek Jorge Martina sprawił, że znalazł się on na 11. miejscu, pomiędzy Alexem Marquezem i Fabio Quartararo na 12. pozycji. Dalej z tyłu, w piątym rzędzie ustawią się Jack Miller i Aleix Espargaro, obaj z zamiarem walki w czołówce.