Pedro Acosta a illuminé la piste lors du Grand Prix du Japon, en décrochant la pole position avec un record du tour de 1:43.018. Le rookie n'a pas seulement décroché la première place, il est également devenu le troisième plus jeune pilote à décrocher une pole. Francesco Bagnaia, qui a réalisé un dernier tour époustouflant, le rejoint sur la première ligne. Maverick Viñales complète le trio de tête.

La Q1 a connu son lot de chaos avec la pluie qui menaçait, mais Franco Morbidelli et Fabio Quartararo ont réussi à assurer leur place en Q2. Le coup d'envoi de la Q2 a été donné sous la pluie, ce qui a rendu la séance tendue. Marc Marquez s'empare de la première place grâce à son tour rapide, battant même le temps d'Acosta, mais le rookie revient vite à la charge et reprend sa position. Alors que la séance touche à sa fin, Bagnaia s'empare brièvement de la première place avant que Marquez ne surprenne tout le monde avec un temps de 1:42.868. Malheureusement pour Marquez, le chrono est effacé en raison des limites de la piste, ce qui redonne la pole à Acosta. Jorge Martin a chuté au virage 9 dans les derniers instants et s'élancera de la 11e place.

La deuxième ligne est emmenée par Enea Bastianini, qui a réalisé une course fantastique et a obtenu la quatrième place. Il est suivi par Brad Binder, cinquième, et Franco Morbidelli, sixième. Fabio Di Giannantonio sera en tête de la troisième ligne, avec son coéquipier Marco Bezzecchi en huitième position. Marc Marquez s'élancera de la neuvième place et devra faire face à un Sprint et à une course difficiles.

La chute de Jorge Martin le place en 11ème position, entre Alex Marquez et Fabio Quartararo en 12ème position. Plus loin, Jack Miller et Aleix Espargaro s'aligneront sur la cinquième ligne, tous deux désireux de se battre dans le peloton.