Durante la FP2, pilotos y equipos se centraron en afinar sus reglajes, con Bagnaia terminando la sesión más rápido junto a Martin. El escenario estaba preparado para una emocionante sesión clasificatoria, en la que Marco Bezzecchi marcó un ritmo endiablado en la Q1. A medida que avanzaba la sesión, los tiempos empezaron a bajar rápidamente, con Johann Zarco y Brad Binder dando un paso al frente para hacerse con las primeras posiciones y pasar a la Q2.

En la Q2, Martin comenzó fuerte, con su primera tanda en el rango de 1:56. Luego mejoró su tiempo, pero más tarde fue superado por Bagnaia, que realizó una tanda absolutamente perfecta para hacerse con la pole position. El vigente campeón ha ido al límite. Desgraciadamente, el compañero de equipo de Bagnaia, Enea Bastianini, sufrió una caída en los instantes finales de la sesión.

Franco Morbidelli encabezará la segunda fila tras su impresionante empuje en la Q2, que le aseguró el cuarto puesto. Saldrá por delante de Marc Márquez, que ha tenido problemas para encontrar velocidad adicional con neumáticos frescos y saldrá quinto. Bastianini, que se ha caído en los instantes finales, completará la segunda fila en sexta posición, ya que no ha podido mejorar su tiempo.

Jack Miller saldrá desde la séptima plaza, tras realizar una gran actuación durante el fin de semana. A su lado estarán Fabio Quartararo y Alex Rins, con las dos Yamahas mostrándose fuertes aquí en Malasia.

Pedro Acosta se ha quedado fuera de la Q2 por muy poco, clasificándose 13º. El debutante saldrá por delante de Marco Bezzecchi y Raúl Fernández. Andrea Iannone, el icono de la remontada, saldrá 17º, continuando con su impresionante regreso a MotoGP.