Francesco Bagnaia předvedl v Malajsii naprosto strhující výkon a časem 1:56,337 kola překonal dosavadní rekord. Úřadující šampion zajel perfektní kolo a získal náskok před Jorgem Martinem. Martinovi se však také podařilo proniknout pod hranici 1:56, ale ani ve druhé jízdě se Bagnaiaovi nedokázal vyrovnat. Vedle Bagnaie a Martina se v první řadě objeví Alex Marquez, který zajel silné kolo, jež mu zajistilo třetí místo.

V průběhu 2. jízdního kola se jezdci a týmy soustředili na doladění nastavení, přičemž Bagnaia dokončil trénink nejrychleji spolu s Martinem. Scéna byla připravena pro vzrušující kvalifikační trénink, v němž Marco Bezzecchi nasadil v Q1 bleskové tempo. V průběhu tréninku začaly časy rychle klesat a Johann Zarco a Brad Binder se posunuli na první místa a postoupili do Q2.

V Q2 začal Martin silně, když se jeho první jízda pohybovala v rozmezí 1:56. V Q2 se Martinovi podařilo zajet čas 1:56. Poté svůj čas zlepšil, ale později byl překonán Bagnaiem, který předvedl naprosto perfektní jízdu a získal pole position. Úřadující šampion tlačil na absolutní hranici svých možností. Bohužel pro týmového kolegu Bagnaiai, Enea Bastianiniho, který utrpěl v posledních okamžicích tréninku havárii, to nedopadlo moc dobře.

Franco Morbidelli povede druhou řadu po působivém závěrečném náporu v Q2, který mu zajistil čtvrté místo. Zařadí se před Marca Marqueze, který se s čerstvými pneumatikami snažil najít dodatečnou rychlost a odstartuje z pátého místa. Bastianini, který v závěrečných okamžicích havaroval, doplní druhou řadu na šestém místě, protože nedokázal zlepšit svůj čas.

Jack Miller odstartuje ze sedmého místa, který o víkendu předváděl dobré výkony. Přidají se k němu Fabio Quartararo a Alex Rins, přičemž obě Yamahy se zde v Malajsii jeví jako silné.

Pedro Acosta těsně nedosáhl na Q2, když se kvalifikoval na 13. místo. Nováček bude startovat před Marcem Bezzecchim a Raulem Fernandezem. Andrea Iannone, ikona návratu, se zařadí na 17. místo a bude tak pokračovat ve svém působivém návratu do MotoGP.