Francesco Bagnaia a réalisé une performance absolument passionnante pour décrocher la pole position en Malaisie, battant le précédent record du tour avec un temps de 1:56.337. Le champion en titre a réalisé un tour parfait, prenant l'avantage sur Jorge Martin. Ce dernier a toutefois réussi à franchir la barre des 1:56, mais n'a pas pu égaler le rythme de Bagnaia lors de son deuxième passage. Aux côtés de Bagnaia et Martin sur la première ligne, on retrouvera Alex Marquez, qui a réalisé un bon tour qui lui a permis de prendre la troisième place.

Pendant la FP2, les pilotes et les équipes se sont concentrés sur la mise au point de leurs réglages, Bagnaia terminant la séance le plus rapidement aux côtés de Martin. Le décor était planté pour une séance de qualification passionnante, au cours de laquelle Marco Bezzecchi a affiché un rythme effréné en Q1. Au fur et à mesure que la séance avançait, les temps commençaient à chuter rapidement, Johann Zarco et Brad Binder s'imposant pour prendre les premières places et se qualifier pour la Q2.

En Q2, Martin démarre fort, avec un premier run en 1:56. Il améliore ensuite son temps, mais est battu par Bagnaia, qui réalise un run absolument parfait pour décrocher la pole position. Le champion en titre a été poussé dans ses derniers retranchements. Malheureusement, le coéquipier de Bagnaia, Enea Bastianini, a été victime d'une chute dans les derniers instants de la séance.

Franco Morbidelli sera en tête de la deuxième ligne après une impressionnante poussée en fin de séance en Q2, qui lui a permis d'obtenir la quatrième place. Il s'alignera devant Marc Marquez, qui a eu du mal à trouver de la vitesse avec des pneus neufs et s'élancera de la cinquième place. Bastianini, qui a chuté dans les derniers instants, complète la deuxième ligne en sixième position, car il n'a pas été en mesure d'améliorer son temps.

Jack Miller s'élancera depuis la septième place, après avoir réalisé une belle performance ce week-end. Il sera rejoint par Fabio Quartararo et Alex Rins, les deux Yamaha s'étant montrées très performantes en Malaisie.

Pedro Acosta a manqué de peu la Q2 en se qualifiant en 13e position. Le rookie partira devant Marco Bezzecchi et Raul Fernandez. Andrea Iannone, l'icône du retour, s'alignera en 17ème position, poursuivant son impressionnant retour en MotoGP.