Francesco Bagnaia a repris sa domination sur le Tissot Sprint lors du Grand Prix Pertamina, prouvant qu'il est impossible de l'arrêter dans l'intense bataille de 13 tours. Le champion en titre s'est assuré 12 points cruciaux, franchissant la ligne d'arrivée juste devant son coéquipier Enea Bastianini, tandis que Marc Marquez complétait le podium après une lutte acharnée avec Bastianini.

Le week-end de course indonésien a également apporté un nouveau rebondissement dans l'histoire du championnat. Jorge Martin, qui était en tête, a été victime d'une chute coûteuse qui lui a fait perdre de précieux points. Martin s'était élancé avec brio, prenant la tête de la course avec Bagnaia à ses trousses, qui a bravé la ligne extérieure à l'entrée du virage 1. Martin a pris la tête dans le premier tour, tandis que Marquez a progressé rapidement depuis sa 12e place.

Mais le drame est survenu à la fin du premier tour lorsque Martin a chuté dans le délicat virage 16. Bien qu'il soit revenu plus tard, sa chute a permis à Bagnaia de prendre la tête et a ouvert la voie à une lutte acharnée pour le podium, avec Marco Bezzecchi, Acosta et Marquez qui se sont affrontés. Marquez a réussi à dépasser Acosta au troisième tour, s'assurant ainsi une place dans le trio de tête, tandis qu'Acosta est tombé sous la pression de Bastianini et a rétrogradé à la cinquième place.

En tête, le rythme est implacable, Bezzecchi réalisant le meilleur tour avant d'éviter de justesse le désastre au 7e tour. Son erreur le fait rétrograder à la quatrième place, tandis que Martin revient dans le top 10 après avoir dépassé Jack Miller.

Alors que la course touche à sa fin, Bastianini se rapproche de Marquez et vise la deuxième place. À trois tours de l'arrivée, Bastianini réussit son coup au virage 10 au 12e tour et s'empare de la 2e place.

Dans le dernier tour, Bagnaia a gardé son sang-froid et s'est assuré la victoire. Marquez a pris la troisième place, ajoutant sept points précieux à son total au championnat, ce qui pourrait s'avérer crucial pour la suite de la saison. Bezzecchi, malgré son rythme en début de course, n'a pas pu se remettre de son erreur et s'est contenté de la quatrième place, confortablement installé devant Franco Morbidelli, qui a dépassé Acosta, laissant le rookie à la sixième place. Acosta termine avec un peu moins d'une demi-seconde d'avance sur Maverick Viñales.

En milieu de peloton, Johann Zarco a impressionné avec une solide huitième place, devant Fabio Di Giannantonio, qui s'est adjugé le dernier point en jeu. Martin, malgré sa conduite énergique, n'a pu terminer que 10e, manquant ainsi de points.