Jorge Martin verzekerde zich van poleposition op Phillip Island met een verbluffende rondetijd van 1:27.296, waarmee hij een halve seconde voor Marc Marquez eindigde. Marquez wist zijn laatste vliegende ronde te verbeteren en claimde een startplaats op de eerste rij. Hij komt naast Maverick Viñales te staan, die in de beginfase van Q2 een spannend tempo liet zien en daarmee ook een plek op de eerste rij veroverde.

De actie op zaterdag begon onder moeilijke omstandigheden, met Marc Marquez op de eerste plaats in een verlengde FP2-sessie, toen het circuit opdroogde na de regen in de ochtend. Toen Q1 begon, ontvouwde het drama zich toen rijders van start gingen op een mix van natte en slicks. Naarmate de baanomstandigheden verbeterden, werden de rondetijden sneller en Raul Fernandez timede zijn aanval perfect, waardoor hij zijn Q2-plek veiligstelde naast Enea Bastianini. In Q2 schakelden alle 12 rijders over op slicks. Jorge Martin leidde de sessie, terwijl Fabio Di Giannantonio al vroeg crashte in bocht 1. Maverick Viñales zette de maatstaf aan het einde van de eerste run, maar zoals gebruikelijk werd de poleposition pas in de laatste minuten beslist. Martin reed een fenomenale ronde in de lage 1:27 om pole te pakken op Phillip Island.

Marco Bezzecchi leidt de tweede rij, omdat hij er niet in slaagde om in de 1:27 te duiken. Hij start voor regerend kampioen Francesco Bagnaia, die vijfde werd nadat hij als een van de laatste rijders aan zijn tweede run begon. Raul Fernandez maakte de tweede rij compleet als zesde na een indrukwekkende comeback vanuit Q1.

Verder naar achteren staat Franco Morbidelli op de zevende plaats op de derde rij na een sterke sessie. Alex Marquez start vanaf de achtste plaats, terwijl Alex Rins, de enige Yamaha-coureur in Q2, de top negen compleet maakt.

Enea Bastianini eindigde als 10e en voor KTM was het een zware dag. Brad Binder start vanaf de 11e plaats, terwijl thuisheld Jack Miller het moeilijk had en vanaf de 16e plaats begint. Pedro Acosta stond ook voor uitdagingen en start vanaf de 15e plaats na een moeilijk einde van Q1.