Jorge Martin a décroché la pole position à Phillip Island grâce à un chrono époustouflant de 1:27.296, terminant avec une demi-seconde d'avance sur Marc Marquez. Marquez a réussi à améliorer son dernier tour de piste pour s'élancer sur la première ligne. Il s'alignera aux côtés de Maverick Viñales, qui a affiché un rythme effréné au début de la Q2, ce qui lui a valu une place sur la première ligne.

La journée de samedi a débuté dans des conditions difficiles, Marc Marquez prenant la première place lors d'une séance FP2 prolongée, la piste ayant séché après les pluies de la matinée. Lorsque la Q1 a commencé, le drame s'est déroulé alors que les pilotes s'élançaient avec un mélange de pneus humides et de pneus slicks. Au fur et à mesure que les conditions de piste s'amélioraient, les temps au tour devenaient plus rapides, et Raul Fernandez a parfaitement synchronisé son attaque, s'assurant ainsi une place en Q2 aux côtés d'Enea Bastianini. En Q2, les 12 pilotes sont passés en pneus slicks. Jorge Martin mène la séance, tandis que Fabio Di Giannantonio chute au virage 1. Maverick Viñales a établi la référence à la fin du premier run, mais comme d'habitude, la pole position s'est décidée dans les dernières minutes. Martin a réalisé un tour phénoménal en 1:27 pour décrocher la pole à Phillip Island.

Marco Bezzecchi sera en tête de la deuxième ligne, car il n'a pas réussi à passer sous la barre des 1:27. Il s'élancera devant le champion en titre Francesco Bagnaia, qui a obtenu la cinquième place après avoir été l'un des derniers pilotes à s'élancer pour son deuxième run. Raul Fernandez complète la deuxième ligne en sixième position après une remontée impressionnante depuis la Q1.

Plus loin, Franco Morbidelli mène la troisième ligne en septième position après avoir réalisé une bonne séance. Alex Marquez s'élancera depuis la huitième place, tandis qu'Alex Rins, le seul pilote Yamaha présent en Q2, complète le top 9.

Enea Bastianini termine à la 10e place, et pour KTM, la journée a été difficile. Brad Binder s'élancera de la 11e place, tandis que Jack Miller, le héros local, s'est battu et s'élancera de la 16e place. Pedro Acosta a également connu des difficultés et partira de la 15e place après une fin de Q1 difficile.